Il s’agit d’un outil d’adhésion aux objectifs de conservation ou de rétablissement des habitats naturels et des espèces poursuivis sur le site et définis dans le DOCOB.
La Charte est constituée d’une liste d'engagements non rémunérés et contrôlables par l’État ; ces engagements correspondent à des « pratiques de gestion courante et durable des terrains inclus dans le site ainsi qu’à des pratiques sportives et récréatives respectueuses des habitats naturels et des espèces » (Article R. 414-12, Code de l’Environnement). La Charte Natura 2000 apporte par ailleurs la reconnaissance de la qualité des milieux naturels présents sur ces sites (labellisation du territoire) et également des pratiques favorables à la conservation de ces milieux (valorisation des pratiques respectueuses).
Sont susceptibles d’être signataires, toutes les personnes physiques ou morales, publiques ou privées, titulaires de droit réels ou personnels portant sur des parcelles incluses dans un site Natura 2000. L’adhésion se fait pour une durée de 5 ans minimum ou de 10 ans.
L’adhésion est une démarche volontaire et contractuelle qui marque un engagement fort aux valeurs et objectifs de Natura 2000. Elle n’implique pas le versement d’une contre partie financière et donne accès à des exonérations fiscales et à certaines aides publiques (exonération de la taxe foncière sur les propriétés non bâties, exonération des droits de mutation à titre gratuit pour certaines successions et donations, déduction du revenu net imposable des charges de propriétés rurales et garantie de gestion durable des forets).